El Plan de Estudios tiene una estructura curricular semiflexible con un sistema de créditos académicos, compuesto por catorce asignaturas. La flexibilidad del programa se ve reflejada en el eje transversal, que incluye contenidos para reforzar el aprendizaje de los contenidos requeridos para cada estudiante. En este eje el estudiante tendrá la posibilidad de elegir en conjunto con su tutor y el comité tutoral las temáticas que brindarán al alumno los conocimientos básicos que le permitan abordar y desarrollar su proyecto de investigación.

El plan de estudios es un programa de actividades que el estudiante desarrolla de forma conjunta con el director de tesis y el Comité Doctoral designado. El programa de actividades estará organizado por semestres, y mostrará las actividades formativas y de investigación que el estudiante realizará en un periodo de ocho semestres.

El programa consta de 160 créditos los cuales se distribuyen en los tres ejes fundamentales del programa, el de investigación consta de 80 créditos, el transversal de 32 créditos y el de difusión del conocimiento de 16 créditos, los 32 créditos restantes corresponden a la realización y defensa de la tesis. Los ejes planteados coadyuvarán en el perfil de egreso de los estudiantes.